Horná Štubňa bola založená na nemeckom práve roku 1390 s výsadami podobnými krupinským. Zmluva s Kremnicou povoľuje vystavať a udržovať kostol. Bartoš z Novej Lehoty dostal dedičné richtárstvo a tiež slobodný lán na postavenie kostola, ktorý si mali Štubňania vybudovať z vlastných prostriedkov. Na základe donácie z konca 14. storočia mohol byť postavený už v 15. storočí. Listinné materiály vzťahujúce sa na pôvodný drevený kostol Najsvätejšej Trojice a faru sa nezachovali, iba v 19. fonde kremnického archívu čítame, že: „7. mája 1598 prosí listom hornoštubnianský farár Kremnicu, aby zakročila – mládež chodí namiesto kostola do Teplíc na zábavu a pokladňa je tiež prázdna“.
Schematizmus z roku 1854 poznamenáva, že starodávna farnosť existuje od roku 1620. Mišík o pôvodnom kostole neznámeho slohu píše, že bol drevený a pôvodné patrocinium bolo Najsvätejšej Trojice, od roku 1673 k úcte sv. Anny. Historický schematizmus uvádza, že „predtým bol v Hornej Štubni drevený kostol, v novom bol hlavný oltár Najsvätejšej Trojice, ktorého maľovaný obraz v dnešných dňoch už neexistuje. Podľa protokolu mesta Kremnice nariadením kráľovského komisára kostol prešiel do rúk katolíkov a má titul sv. Anny“. Tiež píše o jedinom bočnom oltári s vyobrazením sv. Kríža, ktorý sa do dnešných dní nezachoval a poznamenáva: „tradícia tvrdí, že pred reformáciou tu boli kňazi“.
Do roku 1648 tu stál drevený kostol zasvätený Najsvätejšej Trojici. Vtedy začali stavať murovaný. Zárevúcky k tomu nachádza vo farskom archíve v Sklennom zaznačené, že na základy kostola kúpili od J. Rusnáka celú pec vápna za 4 fl. Dokončenie kostola kladie do roku 1651, veže do roku 1657.
7. októbra 1640 zaznačil o inventári pôvodného dreveného kostola pastor Andrej Zachaci nasledovné: „máme v našom kostole, ako je to bežné v zásobe: dva kalichy, jeden strieborný s paténou a jeden cínový s paténou. Jedno omšové oblečenie, slávnostné zelené šaty, tri fľaše a jedna konvica na víno; v kostole vždy musí byť oltár a kanceľ, v každom čase s jednou prikrývkou alebo jedným obrusom prikrytý, pri vysluhovaní Poslednej večere musia vždy byť zapálené dve sviece, čo zabezpečí kostolný otec“. Z toho usudzujeme v inventári aj dva svietniky. 5. mája 1640 boli na starom kostole vymenené niektoré šindle a laty. V roku 1641, v pondelok po nedeli Oculis znova previedli opravy na fare, nové dosky v maštali, oprava školy a kostola. Za práce na vymaľovaní okien dostal sklár 1,95 fl. 15. septembra pani Dorota darovala ručnú prácu s čiernou čipkou na oltár.
Ešte pôvodný drevený kostol navštívil roku 1648 Juraj Láni a v zápisnici chváli cirkevníkov, pastora Andreja Zachaciho a píše, že je všetko v poriadku. V dobe pôsobenia pastora Zachaciho sa pravidelne v účtovnej knihe spomína kostol, „Pffarhoff“ (fara), maštaľ, cintorínsky múr okolo kostola a škola. Keď sa písala roku 1644 Dominica Oculis, je v účtovníctve výdavok 0,24 fl. za dva povrazy k zvonom a „masť“ k zvonom. V pondelok po nedeli Reminiscere roku 1645 boli zaznačené výdavky na opravu na cintorínskom múre, fare a škole, šindle, laty a klince, spolu 4,97 fl. O dva roky neskôr je vyúčtované zakrytie strechy kostola šindľom a železo do sakristiového okna. Roku 1648 po nedeli Laetare sa začali práce na stavbe nového kostola, na ktorom pracoval majster Martin, murár, Hans Stritz a Andrej (Lehman?) pripravili šindeľ v hodnote 28 zlatých. Pri prácach na klenbe sakristie sa minulo pivo za 0,25 fl. Ešte v roku 1637 zaobstarali pre starý kostol novú kazateľnicu za 24 zlatých.Pravdepodobne ju preniesli, po dokončení novostavby, do nového chrámu. Roku 1650 bol výdavok: povraz k „zvončeku“. Mohlo sa jednať o malý zvon na sanctusník, alebo pri sakristii, alebo umieračik v drevenej veži pri kostole. 18. augusta 1650 M. Richter a Andrej Thurtcer z Nemeckého Pravna dodali olovo k oknám za 20 fl. – to už boli práce na novom kostole. 11. a 23. februára 1651 zaplatili za sklené tabule 8,62 fl.
Vyúčtovanie za stavbu nového kostola bolo nasledovné: murárske práce 677 zlatých; kamenárske 244 zlatých; tesárske práce na krove 161 zlatých; stolár 160 zlatých; sklenár Andrej z Kremnice za okná dostal 35 zlatých; zámočník za tri kovania na dvere kostola 69 zlatých. 5. septembra 1651 požehnal nový kostol v „Novej Štubni“ Ján Urlsperger, toho času farár slobodného a hlavného banského mesta Kremnice a dostal pomenovanie „Zum hl. Drejfaltigkeit“
V roku 1652 je záznam o veži pri druhom – starom kostole. Domnievame sa, že ide o pôvodnú, drevenú vežu. V rokoch 1657-1658 je záznam o postavenej veži – zvonici a o šťastlivom zavesení zvonov. Autori knihy Historické krovy kladú postavenie veže do rokov 1673 až 1683. Autor Historického schematizmu našiel v roku 1876 tri zvony, dva pôvodné (o ktorých existencii a pravidelnej údržbe sa dozvedáme už okolo roku 1640) a jeden z 19. storočia.
Z pôvodného dreveného kostola sa s istotou zachovala ranorenesančná krstiteľnica, ktorú historici umenia považujú za dielo druhej polovice 16. storočia. Je kamenná, má polygonálnu nohu a kupu, kanelovaný driek. Starobylá bola aj strieborná monštrancia a kalich, pravdepodobne ešte z pôvodného kostola. O týchto bohoslužobných predmetoch tradícia a Historia Domus spomína, že ich zobral Jeremiáš Karol Pilarik a nikdy nevrátil. Preto zadovážili v roku 1754 z tepaného striebra pacifikál a strieborný kalich z tepaného striebra, zdobený filigránmi, akantom, viničom, ružami a emailovými medailónmi.
Vo vizitačnom zápise z roku 1754 je kostol uvedený ako filiálka Sklenného: „zasvätený sv. Anne… veľký oltár sv. Anny je maľovaný, druhý novopostavený sv. Kríža“. Ani jeden sa nezachoval.
Zdroj: Adam Dedík – Zaniknuté kostoly v Turci (Diplomová práca)